Коллегиальными органами управления МАУ ДО "СШ г. Черняховска" являются общее собрание работников, педагогический совет и наблюдательный советы учреждения.

Единоличным исполнительным органом МАУ ДО "СШ г. Черняховска" является директор, который назначается учредителем учреждения дополнительного образования и осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения, за исключением вопросов, отнесенных федеральными законами или Уставом учреждения к компетенции учредителя учреждения, наблюдательного совета Учреждения или иных органов МАУ ДО "СШ г. Черняховска".

Общее собрание работников (конференция) является постоянно действующим органом коллегиального управления МАУ ДО "СШ г. Черняховска".

Педагогический совет - постоянно действующий коллегиальный орган управления педагогической деятельностью МАУ ДО "СШ г. Черняховска", объединяющий педагогических работников на постоянной (бессрочной) основе.

В МАУ ДО "СШ г. Черняховска" создан наблюдательный совет. В состав наблюдательного совета учреждения входят представители Учредителя, представитель администрации муниципального образования «Черняховский муниципальный округ Калининградской области», на которых возложено управление муниципальным имуществом, и представители общественности, в том числе лица, имеющие заслуги и достижения в соответствующей сфере деятельности, работники Учреждения.

МАУ ДО "СШ г. Черняховска" структурных подразделений не имеет.